当天收盘后，事件还在发酵。多家证券公司人士表示，16日下午4点，银行向证券公司下发第三方存管银证转账对账文件进行轧账——这正是一直以来正常清算的时间。此时，有证券公司“感觉大数基本对得上，但有少量的掉账”。而按照三方存管规定签署的存管合同，轧账出现问题时需以银行数据为准，加之问题笔数和金额较少，证券公司选择调整自己的数据并在当天将轧账结果按照流程上报给相关登记结算部门、交易所、投保基金和银行。
在绝大部分券商已经完成清算后，一份新的对账数据在16日晚11点后发到了各家证券公司的邮箱。17日凌晨3点，部分发现新对账数据的券商连夜对账，并从工行工作人员处获得口头确认，应该以第二次发送的对账文件为准。17日早上6：40左右，工行再次发送第二次银证转账对账文件，并于当日下午发邮件给各证券公司，要求各证券公司以第二次发送的银证转账对账文件进行轧账，此时大部分证券公司已无法重新进行清算，被迫据此数据进行手工调账。
8月26日，工行在回应本报记者采访时确认，7月16日系统出现异常。事件发生后，工行迅速定位故障设备，由热备设备实施接管，并与相关证券公司保持密切联系，按照约定的疑账处理流程，积极配合证券公司进行账务核对和调整工作。
“从晚上11点到第二天凌晨3点、6点多，工行接连给我们发邮件，但除了系统发送邮件外，我们负责后台结算的工作人员既没有接到电话通知，也没有收到短信提醒。据我了解，不少证券公司是到了17日上班之后才看到邮件，而且发现新对账单中出现问题的账户数据远远大于16日下午4点的对账数据。”王先生说。
7月17日上班后，针对头一天的故障，工行总行向各大券商发出了情况说明，并请各分行转发。一些区域性券商表示，直到20日后，才收到这份说明。
中国证券报获得的这份说明显示，工行对16日事件进行了解释：“7月16日我行银证系统前置所连一台网络设备发生硬件故障，由热备网络设备快速接管，热备切换期间发生部分银证转账交易单边账现象。因日间网络故障时银证系统数据恢复异常，导致当日16:10许首批生成的日终对账文件中缺少了部分日间单边账信息。我行发现此问题后进行应急处理，于当日23:30许重新生成正确对账文件发送给贵司，请贵司按照正确文件进行账务处理。”
