那年春天，憨山将《观楞伽记》刻印了100多部，赠送给海内各界人士，此举是为了让人们知道他处患难中未忘佛事，而且唯恐死而无闻。憨山发现广东的风俗喜欢杀生，中元节（七月十五）都喜欢杀牲口祭拜祖先，市井间积牲如积薪，于是他举办盂兰盆会，劝说人在此日斋僧放生，用蔬果祭祖。不少人受他的影响，甚至丧祭大事、父母寿日也都放生斋素，许多地方成立了放生会，憨山非常欣慰。
明万历三十一年，憨山大师的挚友真可大师在京中因刻书之事受连下狱，与其关系密切的憨山受波及。第二年正月，按院下了檄文，令憨山还戍居住，也就是要回到充军的原地雷州，于是憨山离开苦心经营的曹溪南华寺回到雷州。憨山想不到先前欲奔走朝廷为自己伸冤的真可大师有难，顿时有一种“同是天涯沦落人”的感慨。受达观（真可号达观）之厄牵连，憨山还能定下心来著书，是因为他想起达观曾说过“楞严说七趣因果，世书无对解者”，他悟及“春秋乃明明因果之书耳”，在雷州写下了《春秋左氏心法》，他认为“左氏心法，得之孔子。祖师心法，得之菩萨。入世出世，义莫大乎春秋也。”
公元1606年8月，有一个人的降生使憨山结束被流放的命运。神宗皇帝因为长孙的出生，于是大赦天下，憨山得以赦放。遇赦后，憨山辗转曹溪、广州、衡山、湖东等地，直到1614年，憨山被他的超级“粉丝”慈圣皇太后召入宫中，皇太后还给他僧衣度牒。苦尽甘来，被削去僧籍、流放雷州多年的憨山大师，终于又得以回归僧侣名册之中。 1622年，憨山受邀回到曹溪，次年在南华寺圆寂，肉身供奉在该寺。
憨山多才多艺，佛经、书法、诗词无所不晓。他弘法数十年，度引无数众生，影响巨大；他的《醒世歌》被制作为歌曲专辑，广为流唱；他的书法被中国当代著名书画家启功评为“五百年来见几曾”。在雷州期间，憨山曾谓学有三要：“不知《春秋》，不能涉世；不精老庄，不能忘世；不懂参禅，不能出世”。“为学三要”之说，成为17世纪以来三教一体的名言，对后世的禅宗思想及美学思想产生积极的影响。
